Собор был очень популярным в то время, часто приезжали посетители. В 1640 году здесь был священник Павел Захариев и русские послы. В конце XVII века храм был заброшен.В XIX веке храм отремонтировали, возвели на куполе ротонду. Здесь же сделали усыпальницу, в которой был похоронен князь Абхазии Михаил Шервашидзе, его сын и другие. В 1920 году из Моквского храма было похищено ценное Евангелие. Во времена Cоветского Cоюза оно было возвращено и теперь хранится в музее искусств Грузии.В 2002 году Моквский храм вновь открылся, стал достопримечательностью и принимает туристов.